На сайте Министерства образования и науки РФ  www.mon.gov.ru  был опубликован проект критериев отбора инновационных вузов. Конкурсный отбор высших учебных заведений будет проводиться в рамках приоритетных национальных проектов, озвученных Президентом России В.Путиным 5 сентября 2005 года, и является одним из механизмов формирования эффективной национальной инновационной системы.
Программа финансирования высших учебных заведений направлена на кадровое обеспечение инновационного развития предприятий, отраслей и регионов, задачи повышения качества естественнонаучного и инженерного образования, обеспечения его соответствия современным запросам рынка труда и технологий, поддержки современных научных исследований.
Отбор проводится среди высших учебных заведений в области естественно-научного и инженерно-технического образования, медицины и сельскохозяйственных наук, как среди наиболее ресурсоемких. Конкурсный отбор осуществляется в два этапа. Сначала на основании основных критериев отбираются не менее 20 вузов, которые на втором этапе рассматриваются по всей совокупности показателей, в соответствии с установленными для показателей коэффициентами.
Конкурсный отбор вузов-претендентов осуществляется на основании ряда параметров, охватывающих общие итоги деятельности вузов в 2000-2005 годах, систему управления вузом, использование образовательных программ, научно-исследовательскую, опытно-конструкторскую и инновационную деятельность, международное сотрудничество, а также дополнительных параметров.
Данные критерии отбора инновационных вузов в рамках президентских инициатив являются примерными и опубликованы для общественного обсуждения. В дальнейшем критерии будут доработаны с учётом поступивших предложений.