В 1990-2000 годах Минобразования России разработана и используется в практике вузов, министерств и ведомств Российской Федерации информационно-аналитическая система «Рейтинг специальностей и вузов России». Основой системы является методика определения рейтингов специальностей и вузов, одобренная Ассоциацией российских вузов и рекомендована как базовая модель. В рейтинге за 2002 год принял участие 601 вуз. Из них 99 – негосударственные учебные заведения, имеющие госаккредитацию. Среди вузов, подведомственных Минобразованию России, только 13 не представили данные, а вот среди негосударственных таких более 200. Количество обязательных показателей для рейтинга - 41, в том числе глобальный критерий (интеллектуальный потенциал, квалификация научно-педагогических кадров, перспективность кадрового обеспечения, уровень информатизации, обеспеченность учебно-лабораторной базой, обеспеченность быта, спорт и отдых), активность (подготовка кадров, подготовка специалистов, аспирантура, подготовка кадров высшей квалификации, объем и апробация научных исследований, конкурентоспособность подготовки кадров), оценка уровня специалистов (оценка уровня приема, оценка уровня знаний, оценка уровня выпуска). Учитывая, что итоговые рейтинги вузов зачастую отличаются друг от друга на сотые и даже на тысячные доли единицы (максимальное значение рейтинга), учебные заведения объединены в подгруппы с примерно одинаковым рейтингом и представлены в них в алфавитном порядке. Подсчет рейтингов произведен с учетом филиалов вузов. По данным отдела баз данных и документальной связи Министерства образования Российской Федерации рейтинг ЧГУ им. И.Н. Ульянова за 2000 г. составлял 23-30 места из 61 классических вузов, представивших сведения по рейтингу. За 2001 год – 36-43 места из 75 классических вузов, за 2002 год – 40-50 места из 85 классических университетов. Рейтинг ЧГПУ им. И.Я. Яковлева за 2000 г. составлял 41-52 места из 71 педагогических вузов, за 2001 год – 32-36 места из 74 педагогических вузов, за 2002 год – 26-29 места из 73 педагогических вузов. Рейтинг ЧГСХА за 2000 г. составил 23 место (из 30), за 2001 год – 38 место (из 40), за 2002 год – 34-38 место (из 46).